segunda guerra civil (1830-1842)

A finales de julio de 1829, el gobierno federal envió tropas a Honduras y Nicaragua para pacificar ambos territorios, pues en los dos había guerra civil. Los gastos de estas expediciones correrían por cuenta de cada uno de ellos. Morazán marchó sobre Honduras con 500 guatemaltecos y hondureños, aplastó la rebelión y mandó a su tío, Dionisio Herrera, a pacificar Nicaragua. Este recurrió a la negociación y al uso de la fuerza, tal como Arce había hecho en la década anterior. Herrera permaneció en Nicaragua como gobernador por orden de Morazán. Asimismo, nombró a su cuñado Gobernador de Honduras. Los dos gobernadores obligaron a sus respectivos estados a pagar los gastos de las expediciones militares. En 1831, los enemigos de Morazán se organizaron en diversos frentes. Los salvadoreños, contrarios a un gobierno federal guatemalteco, se sublevaron. Entonces, los enemigos de Morazán, aliados con los Manuel José Arce (1786-1847). En 1825, y constituida la Federación de las Provincias Unidas de Centroamérica, fue elegido presidente. En un primer momento gobernó con el respaldo de los liberales, y más tarde con el de los conservadores, pero acabó enemistándose con ambos y en 1826 disolvió el Congreso federal, decisión con la que provocó el enfrentamiento civil. 160 salvadoreños, invadieron el territorio guatemalteco desde Belice y se apoderaron de Omoa.